目前，并沒有相關長期的服用雪蓮菌有害的報道，但專家認為，雪蓮菌的主要成分是酵母菌、乳酸菌和醋酸菌以及其他的微生物，酵母菌和乳酸菌對人體無害，可以調節人體的正常菌群，對人體的腸胃系統有好處，功效與市面上出售的普通酸奶大致相同。牛奶和雪蓮菌泡在一起，并不會產生對身體有毒性的物質，但是細菌是肯定存在的。雪蓮菌中還含有革蘭陽性菌、雙脂桿菌等，還有一些很小的微生物。革蘭陽性菌中的金葡菌在適宜的溫度和通風不良的環境下，可以生長繁殖，能產生一些毒素，食用后能致病。與正規廠家生產的酸奶相比，若是自制的雪蓮菌泡在牛奶里沒有做好清洗、正確消毒器具、存放等工序就可能對人體產生危害。

也有專家表示，雪蓮菌這種食品或保健品里的成分起不到藥物的效果，即使無副作用，但對原發性疾病如果因輕信食品功效而停止藥物，反而會延誤病情，希望患者一定要謹慎。