河豚魚除了味道特別鮮美之外，還有很多鮮為人知的營養價值和保健作用。它富含蛋白質、維生素、氨基酸、不飽和脂肪酸、微量元素等，尤其是可食部位中的谷氨酸含量為魚類之最。

研究表明：河豚魚除富含蛋白質外(養殖17.71％、野生18.75比一般魚類高出2~3%)；還含17種氨基酸和牛磺酸(參見表一)、魚精蛋白、 膠原蛋白；又富含微量元素硒、鋅等，其肌肉中硒的含量41.25微克/100克是團魚硒含量15.19微克/100克的2.7倍、鋅含量3.65毫克 /100克，是團魚鋅含量2.31毫克/100克的1.58倍。至于河豚魚皮的蛋白質含量和硒、鋅含量更高，其蛋白質含量23.7%比一般魚類高出約5% 左釉冬硒含量63.78微克/克、鋅含量12.15毫克/100克分別是團魚中硒、鋅含量的4.2倍和5.28倍。其不飽和脂肪酸含量超過20％，其中 DHA（腦白金）占15.36%，EPA(腦黃金)為6.19％；碳水化合物0.26克、總熱量95.70kcal（1 cal＝4.18）；維生素A104單位、維生素B1110微克、維生素B2100微克、維生素B32.5毫克，谷氨酸含量是魚中之最。脂肪含量僅為0.26克。

近年來被科學研究證實，魚精蛋白、膠原蛋白、牛磺酸、硒、鋅、等微量元素和EPA、DHA等都具很高的營養價值和保健功能，若依此往和人們以為營養價值較高的團魚等食品作比較，那么河豚魚的營養價值和保健功能就不問可知了。