任何藥物都有它的使用禁忌，益智仁也一樣，如果屬于它的禁忌，大家就要堅持避免使用。

益智仁燥熱，能傷陰動火，故陰虛火旺或熱證尿頻、遺精、多涎者忌用。

①治傷寒陰盛，心腹痞滿，嘔吐泄利，手足厥冷，及一切冷氣奔沖，心脅臍腹脹滿絞痛：川烏(炮，去皮、臍)四兩，益智(去皮)二兩，干姜(炮)半兩，青皮(去白)三兩。上件為散。每服三錢，水二盞，入鹽一捻，生姜五片，棗二個，擘破，同煎至八分，去滓，溫服，食前。(《局方》益智散)

②治腹脹忽瀉，日夜不止，諸藥不效，此氣脫也：益智子仁二兩。濃煎飲之。(《世醫得效方》)

③治夢泄：益智仁二兩(用鹽二兩炒，去鹽)，烏藥二兩，上為末，用山藥一兩為糊，和丸如梧桐子大，每服五十丸，空心臨臥鹽湯下，以朱砂為衣。(《世醫得效方》三仙丸)

④治脬氣虛寒，小便頻數，或遺尿不止，小兒尤效：烏藥、益智仁等分。上為末，酒煮山藥末為柵，丸桐子大。每服七十丸，鹽酒或米飲下。(《婦人良方》縮泉丸，即《魏氏家藏方》固真丹)

⑤治小兒遺尿，亦治白濁：益智仁、白茯苓各等分，上為末。每服一錢，空心米湯調下。(《補要袖珍小兒方論》益智仁散)