石菖蒲的功效全面，小到皮膚疾病，大到消化、心血管系統疾病都有不俗的治療效果，具體功效如下：

1、抗真菌作用

菖蒲水浸劑(1：3)，在試管內對堇色毛癬菌、同心性毛癬菌、許蘭黃癬菌、奧杜盎小芽胞癬菌、鐵銹色小芽胞癬菌、羊毛狀小芽胞癬菌、腹股溝表批癬菌、紅色表皮癬菌、考夫曼-沃爾夫表皮癬菌、星形奴卡菌等皮膚真菌均有不同程度的抑制作用。

2、對心血管系統的作用

石菖蒲揮發油(β-細辛醚)在一定濃度下有使豚鼠冠狀血管擴張的作用。臨床常用于冠心病、肺心病等屬于痰濁氣滯之胸痹者的治療，其機制可能與其能增加冠脈流量有關，還可能與鎮靜、改善消化機能、平喘、鎮咳等作用有關。

3、對消化系統的作用

石菖蒲煎劑內服能促進消化液的分泌及制止胃腸異常發酵，并有緩解腸管平滑肌痙攣的作用。石菖蒲中含的細辛醚能對抗氯化鋇引起的離體腸管的興奮作用。