1、抗生素治療

正確選擇抗菌素是治療支原體肺炎成敗的關鍵。支原體肺炎最有效的治療藥物是紅霉素類，但由于紅霉素可引起較嚴重的胃腸道反應，可改選其它大環內酯類抗生素如交沙霉素、麥迪霉素、螺旋霉素、白霉素、美歐卡霉素等。新一代大環內酯類抗生素，如羅紅霉素、阿奇霉素等由于服藥次數少，副作用低，一般需服用2-3周藥物，否則容易復發。

2、平喘

對喘息嚴重者，可選用支氣管擴張劑，如氨茶堿口服，4-6mg/（kg·次），每6~8小時1次；或可用舒喘靈吸入等。

3、發熱

低熱可必處理，體溫在38℃以上可用安瑞克等治療。

4、祛痰

目的在于使痰液變稀薄，易于排出，以減少細菌感染機會。除加強翻身、拍背、霧化、吸痰外，可選用必嗽平、痰易凈等祛痰劑。由于咳嗽是支原體肺炎最突出的臨床表現，頻繁而劇烈的咳嗽將影響患兒的睡眠和休息，可適當給予鎮靜劑如水合氯醛或苯巴比妥，酌情給予小劑量待因鎮咳，但次數不宜過多。

5、中西結合治療

在服用抗生素的同時應用中醫中藥療效更好，因為中藥治療支原體感染不僅是針對支原體，還可調動機體的免疫功能，促進排痰，增強呼吸功能。常用炙麻黃、杏仁、生石膏、黃芩、射干、蟬衣、僵蠶、前胡、沙參等藥物配合。

6、其他對癥治療

此外不少患兒，還可能出現呼吸道外癥狀，如皮疹，肌肉和關節疼痛，腫脹，溶血性貧血、心肌炎、心包炎等并發癥，均需做針對性的處理。