傳統的治療法是精神藥物和營養治療，對于自閉癥患者來說，自閉癥是生理因素使然，藥物治療便成為自閉癥兒童處遇的優先考慮。：自閉癥這個族群比其他障礙兒童比較普遍使用藥物治療(精神病用藥及抗癲癇藥物)。

1、精神病藥物

Haloperidol (Haldol)曾經用來消除攻擊、過動及同一性的行為，同時可以增加注意力，其副作用是患者會有臉部、下巴、下顎及上肢，會有不自主的抽動，但一旦停藥，則副作用自然消失。

抗憂郁癥藥物曾用來消除自閉兒的強迫癥及固著行為;鋰鹽是躁郁癥的治療藥物，也用來治療出現周期躁郁癥及攻擊行為的自閉兒;心理刺激物(如利他寧或安非他命)有時用來減少過動。

2、生化治療

① Fenfluramine 用來降低自閉兒過高的血清素，血清素是神經的傳遞物質。此藥物的療效仍然未經證實。有研究發現：fenfluramine治療引起無數問題而必須終止藥物治療，特別是對藥物的容受性、食欲及體重問題。

② 腸促胰激素(secretin)是一種神經傳導物質，可以有效改善自閉兒的語文、說話、眼神接觸、睡眠、注意力、穩定情緒、減少自傷行為及過動行為。 Finkelstein(1999)文中指出：在1996年有一篇報導一個自閉兒在使用 Secretin之后，開始說話及眼神接觸，燃起父母的希望。

3、B6治療

目前的研究結果顯示：B6的效益是眼神接觸較好，較少自我刺激的行為，對旁邊的事物較有興趣，較少發脾氣，更多語言。單獨服用巨量 B6會引起四肢麻痺，加上鎂一起服用，便可預防。

4、葉酸

葉酸是維他命 B 中的一個重要成員。在身體內參加細胞中DNA(脫氧核糖核酸)RNA(核糖核酸)的合成。自閉兒服用葉酸的結果：46﹪有顯著的效果，它可幫助語言、情緒安定(抗憂郁及焦慮)、改善睡眠的不安。

5、DMG

DMG(Dimethylglycine)是一種健康食品，不具毒性，也沒有顯著的副作用，可在食品店中買到。DMG 的藥效包括減少癲癇的發生，降低強迫行為及改善語言。部分兒童服用 DMG 后有過動的現象，如果此現象發生時，可服用 1600mcg 的葉酸以抵銷副作用。

有關自閉兒藥物治療，有關學著提出了下列的基本原則：

1、藥物治療必須建立在正確的診斷上，有些自閉兒伴隨有神經病患(如妥瑞士癥)，藥物的選擇必須根據特定的神經病理。

2、嚴重行為問題或情緒障礙的患者，且對其他形式的治療沒有反應者，才考慮用藥。

3、不管年齡大小及功能的等級(高、中、低功能)，自閉兒本身應參與與治療的過程。盡量幫助他們了解用藥的目的和理由。這樣可避免他們對用藥產生負面的態度和誤解。例如有些過動兒會因為吃藥而不過動，若一天不吃藥就過動，因為他相信過動是生理的必須服藥才能控制。

4、自閉兒的照顧者(家長或老師保育人員)應納入治療程序。他們可提供自閉兒功能及對藥物反應的信息，供醫師用藥的參考，所以他們要被告知藥物治療的原因、可能的藥效及副作用。

5、藥物的安慰劑效果要注意，所謂安慰劑的效果是指醫師父母或其他照顧者都可能因為期望而看到藥物的療效。