新生兒驚厥的治療首先是針對原發病變其次是驚厥。除非是表現為呼吸暫停的驚厥，通常驚厥過程中不用止痙，因為一般它們是自限性的，很少危及新生兒的生命功能。

如果血糖低應給予10%葡萄糖2ml/kg靜注；如果有低血鈣，給予10%葡萄糖酸鈣2ml/kg（含18mg/kg）（注意：給予葡萄糖酸鈣的速度不能超過50mg/min，同時作連續的心臟監護）應避免滲出血管外，因為會引起皮膚腐蝕，如果有低血鎂給予50%硫酸鎂0.2ml/kg肌注。應用抗生素治療新生兒驚厥感染。

在確定新生兒驚厥原因檢查開始后應立即針對驚厥本身治療。選用苯巴比妥，給予負荷量20mg/kg靜注如果驚厥未停止，可每15分鐘給予5mg/kg直至驚厥停止，或最大用量40mg/kg已給予維持治療在12小時后開始。劑量從3—4mg/（kg.d）起，根據臨床反應和血清藥物濃度可增加至5mg/（kg.d）。苯巴比妥必須靜脈給藥，特別在驚厥反復發作或長時間發作時當驚厥控制后，苯巴比妥可給予口服，苯巴比妥的有效治療濃度為15—40μg/ml（65-170μmol/L）

如果需要第2種藥物可用苯妥英，負荷量為20mg/kg，在新生兒唯有用靜脈注射才有效，應分成2次（10mg/kg）緩慢靜脈注射，以防止低血壓和心律紊亂。新生兒苯妥英中毒的體征很難發現持續的高濃度將是有害的。如果能測血濃度，危險性就會減少維持量從5mg/（kg.d）開始，分2次使用，根據新生兒驚厥臨床癥狀和血濃度進行調整苯妥英的有效治療血濃度為10—20μg/ml（40—80μmol/L）。

對使用抗新生兒驚厥藥的嬰兒應予以密切觀察藥物過量可導致呼吸抑制，而呼吸驟停將比驚厥本身更危險，抗驚厥治療必須持續至驚厥控制和以后發生驚厥的危險減少為止。