新生兒感染的主要感染來源是細菌感染、病毒感染和其他微生物感染。

1、細菌感染

新生兒感染主要表現為肺炎、腹瀉、皮膚化膿性病變、尿路感染、敗血癥、腦膜炎等。常見的致病菌有金葡菌、鏈球菌、大腸桿菌、表皮葡萄球菌、假單胞菌、利斯特菌、變形桿菌等。感染的致病菌因感染部位而有所不同。

2、病毒感染

新生兒感染病原有巨細胞病毒，風疹病毒、皰疹病毒、肝炎病毒、腸道病毒、EB病毒、呼吸道合胞病毒等。

3、其他微生物感染

除細菌、病毒感染外，新生兒感染還可由真菌、螺旋體、原蟲、衣原體等引起。真菌感染分為淺部和深部兩種。淺部感染常表現為念珠菌病，深部感染可為敗血癥或腦膜炎。原蟲感染常見有先天性弓形蟲病。螺旋體感染常見先天性梅毒。新生兒衣原體感染常為沙眼衣原體所致包涵體結膜炎及肺炎。