導致發生自然流產的原因有胚胎因素、母體因素、父親因素和環境因素。

1、胚胎因素：胚胎染色體異常是流產的主要原因。早期流產子代檢查發現50%-60%有染色體異常。夫妻任何一方有染色體異常均可傳至子代，導致流產。染色體異常包括數目異常、結構異常。除了遺傳因素以外，感染、藥物等不良作用也可引起子代染色體異常，常在孕12周前發生流產。

2、母體因素：

（1）全身性疾病：全身性感染時高熱可促進子宮收縮引起流產，梅毒螺旋體、流感病毒、巨細胞病毒、支原體、衣原體、弓形蟲、單純皰疹病毒等感染，可引起胎兒染色體畸變而導致流產。準媽媽患心衰竭、嚴重貧血、高血壓、慢性腎炎及嚴重營養不良等缺血缺氧性疾病也可導致流產。

（2）內分泌異常：黃體功能不足可以導致早期流產。甲狀腺功能低下、嚴重的糖尿病血糖未控制也可導致流產。

（3）免疫功能異常：與流產有關的免疫因素包括配偶的組織兼容性抗原(HLA)、胎兒抗原、血型抗原(ABO及Rh)及母體的自身免疫狀態。父母的HLA位點相同頻率高，使母體封閉抗體不足也可以導致反復流產。母兒血型不合、孕婦抗磷脂抗體產生過多、夫婦抗精子抗體的存在，均可使胚胎或胎兒受到排斥而產生流產。

（4）子宮異常：畸形子宮如子宮發育不良、單角子宮、雙子宮、子宮縱隔、宮腔粘連以及黏膜下或肌壁間子宮肌瘤均可影響胚囊著床和發育而導致流產。宮頸重度裂傷、宮頸內口松弛、宮頸過短可導致胎兒破裂而流產。

（5）創傷刺激：子宮創傷如手術、直接撞擊、性交過度也可以導致流產;過度緊張、焦慮、恐懼、憂傷等精神創傷，也有可能引起流產。

（6）不良習慣：過量吸煙、酗酒，嗎啡、海洛因等毒品均可導致流產。

3、父親因素：有研究證實精子的染色體異常可以導致自然流產。但臨床上精子畸形率異常增高者是否與自然流產有關，尚無明確依據。

4、環境因素：砷、鉛、甲醛、苯、氯丁二烯、氧化乙烯等化學物質過多接觸，也可以導致流產。