由于每個醫院的等級和地域的差別，肝功能檢查在價格上存在著差異。而且，肝功能具體化驗的項目的多少也是衡量實際費用的標準之一。肝功能檢查化驗的項目越多，收費也會相對增加。一般來說，純化驗肝功能（轉氨酶）約40—100元，如果同時化驗肝腎功能，則需要100元以上。如果需要加上乙肝病毒五項等化驗項目，那么收費一般在200—500之間。

以湖北武漢南湖婦產中心為例，一次肝功能價格為60元。如果在檢查肝功能的同時加上乙肝病毒五項等項目，以遼寧沈陽滑翔醫大三院為例，大約需要400元。