1、黃體功能不全：由于黃體發育不良或過早退化，孕酮分泌不足，或子宮內膜對孕酮反應性降低而引起的分泌期子宮內膜發育遲緩或停滯，或基質和腺體發育不同步而影響孕卵著床。

2、染色體異常：如果夫妻雙方或一方或胚胎染色體異常，導致胚胎不能正常發育，常常會發生自然流產，因為某些胚胎染色體異常其父母的染色體可正常。染色體異常者應根據異常的種類判斷能否再妊娠，若能再妊娠也應做產前診斷以確保優生優育。

3、環境因素。過多接觸某些有害的化學物質(如砷、鉛、苯、甲醛、氯丁二烯、氧化乙烯等)和物理因素(如放射線、噪音及高溫等)，均可引起流產。

4、母體因素。妊娠期患急性病、高熱、細菌毒素或病毒(單純皰疹病毒、巨細胞病毒等)、嚴重貧血或心力衰竭、慢性腎炎或高血壓、生殖器官疾病(如子宮畸形、雙子宮、縱隔子宮及子宮發育不良等)、盆腔腫瘤(如子宮肌瘤等)、甲狀腺功能減退癥、嚴重糖尿病未能控制、胎盤內分泌功能不足均可導致流產。

5、免疫因素。若母兒雙方免疫不適應，則可引起母體對胚胎的排斥而致流產。