1、禁欲3-7天，精液常規分析3次以上者，精子密度低于2000萬而查不出任何病因，可考慮為特發性少精子癥。當精子密度≤l×106/ml時，可診斷為嚴重少精子癥。

2、通過詢問病史、體格檢查及其他實驗室輔助檢查（遺傳學檢查、內分泌激素測定、微生物學檢查、抗精子抗體、微量元素測定等），大多能發現引起少精子癥的病因。精液分析少精子并同時伴有引起少精子的疾病病因時，可診斷為繼發性少精子癥。

3、根據有尿頻、尿急、尿痛以及尿道燒灼樣感，以及尿道外口膿性分泌物，尿液檢查膿細胞增多，前列腺液檢查白細胞大于10/HP，以及尿培養等可確定有生殖系統炎癥。

4、免疫學檢查可以確定是否存在自身免疫，染色體核型分析可確定是否存在染色體異常。測定血清促卵泡成熟激素（FSH）、促黃體生成素（LH）、血清睪酮（T）、泌乳素（PRL）也是少精子癥檢查的重要方法，若FSH、LH低于正常，為繼發性少精子癥，PRL升高為高泌乳素血癥引起的少精子癥。

5、另外有些少精子癥原因不明，稱為特發性少精子癥。