導致自然流產的原因較多，主要有：

1、遺傳基因缺陷：夫婦任何一方有染色體異常可傳至于代，染色體異常的胚胎有50%一60%發生早期自然流產。染色體異常包括：①數目異常：多見三體、X單體、三倍體等。②結構異常：多為染色體斷裂、倒置、缺失和易位。染色體異常的胚胎即使少數妊娠至足月，出生后會發生畸形或有功能缺陷。如發生流產，妊娠產物有時僅為一空孕囊或已退化的胚胎。

2、胚胎發育不全：孕卵異常是早期流產的主要原因，在妊娠頭兩個月的流產中，約有80%是由于精子和卵子有某種缺陷，以致使胚胎發育到一定程度而終止，因此，這種流產的排出物中，見不到原始的胚胎組織。

3、母體因素：

(1)全身性疾病：孕婦患有流感、傷寒、肺炎等急性傳染病，細菌毒素或病毒通過胎盤進入胎兒體內，使胎兒中毒死亡。高熱可促進子宮收縮而引起流產；細菌毒素和病毒感染(如單純皰疹病毒、巨細胞病毒等)，可通過胎盤進入胎兒血循環，使胎兒死亡導致流產；孕婦患嚴重貧血或心力衰竭可致胎兒缺氧，也能引起流產；孕婦患慢性腎炎或高血壓，胎盤發生梗死也可引起流產。孕婦營養不良，特別是維生素缺乏，以及汞、鉛、酒精中毒均可引起流產。

(2)生殖器官疾病：子宮畸形如雙角子宮、縱隔子宮、子宮發育不良。盆腔腫瘤，尤其是粘膜下肌瘤等均可影響胎兒的生長發育而導致流產。子宮內口松馳或宮頸深度裂傷都引起胎膜早破而發生晚期流產。

(3)內分泌異常：甲狀腺功能減退癥、嚴重糖尿病未能控制、黃體功能不足，均可導致流產。

(4)不良習慣：過量吸煙、酗酒，過量飲咖啡、海洛因等毒品，均可引起流產。

(5)創傷刺激：嚴重休克，子宮創傷(如手術，直接撞擊，性交過度)亦可導致流產；過度緊張、焦慮、恐懼、憂傷等精神創傷也有引起流產的報道。

(6)外傷：孕婦的腹部受到外力的撞擊、擠壓，以及孕婦跌倒或參加重體力勞動、劇烈體育運動；腹部手術如闌尾炎，或卵巢囊腫手術均可引起子宮收縮而發生流產。

(7)情緒急驟變化：孕婦的情緒受到重大刺激，過度悲傷，驚嚇，恐懼，及及情緒過分激動，可引起孕婦體內環境失調，促使子宮收縮引起流產。

4、免疫功能異常：妊娠類似同種異體移植，胚胎與母體間存在復雜而特殊的免疫學關系，使胚胎不被排斥。若母兒雙方免疫不適應，則可引起母體對胚胎排斥而致流產。與流產有關的免疫因素有父方的組織相容性抗原(HLA)、胎兒抗原、血型抗原(ABO及Rh)、孕期母體封閉抗體不足、母體抗父方淋巴細胞的細胞毒抗體不足、孕婦抗磷脂抗體產生過多、抗精子抗體的存在等。

5、胎盤發育不良：胎兒在母體內生長發育，主要通過胎盤將母體的營養物質和氧輸送到胎兒，如果胎盤發育不良或出現疾病，胎兒得不到營養物質和氧而停止生長引起流產。

6、母兒血型不合：孕婦過去曾接受過輸血，或在妊娠過程中產生和血型不合的致凝因子，會使胎兒的體內細細胞發生凝集和溶血，從而引起流產。

7、外界因素：孕婦受到如：含汞、鉛、鎘等等有害物質或有毒環境的影響。受到外界的物理因素，比如高溫、噪聲的干擾和影響，也可導致流產。