原則上應做到早期診斷、早期治療、規則用藥、治療方案個體化。非淋菌性陰道炎的最佳治療期是在感染后的1-4個月以內。常用的藥物主要有四環素、紅霉素、強力霉素、阿奇霉素等。常用治療方案有：

1、多西環素200mg/d，分2次口服，連服7-10天。

2、阿奇霉素1.0g飯前1小時或飯后2小時頓服。

3、美滿霉素200mg/d，分2次口服，連服10天。

4、紅霉素2.0g/d，分4次口服，連服7天。

治愈的標準是患者的自覺癥狀消失，無尿道分泌物，尿沉渣無白細胞，細胞涂片也未見衣原體。在判斷治愈時，一般可不作病原微生物培養。

中藥治療非淋菌性尿道炎能克服西藥副作用的缺點，既有能清熱解毒，利尿通淋，活血化瘀的中藥組方，并可隨證加減，特別對病程較長，體質較弱者，給予補氣、益腎，以提高機體免疫功能。非淋菌性尿道炎以濕熱下注型多見，中醫治以清熱利濕，方用八正散加減。