根據甲狀腺腫瘤的類型，治療方法主要有有藥物治療（保守治療）和手術治療兩種。

1、甲狀腺腺瘤

甲狀腺腺瘤一般多采用手術治療，但藥物治療可使少部分患者腫瘤縮小甚至消失。為避免不必要的手術，在病灶小于2cm可考慮首先使用藥物治療，無效時再行手術切除。

2、結節性甲狀腺腫

由于結節性甲狀腺腫呈雙葉多發結節生長，單純手術摘除效果不好，極易復發，全甲狀腺切除術后并發癥甚多，故原則上以保守治療為主。結節性甲狀腺腫僅有不到5%的患者需要手術處理，絕大多數人甚至可以終生帶瘤生存。除非出現明顯壓迫癥狀，伴有甲亢，腫塊延伸至縱隔或懷疑惡變者才作手術切除。

3、甲狀腺癌

甲狀腺癌一般需要手術治療。傳統的手術治療就是在脖子下方開一個切口，把甲狀腺切除，并做淋巴結清掃術。手術要求把腫瘤所在一側的甲狀腺組織全部切除，這是甲狀腺切除手術的最低范圍。如果對側甲狀腺有結節或惡性腫瘤，就要根據不同情況，做對側腫物切除、次全切除，甚至對側甲狀腺全切除。如果有癌細胞轉移，需要根據轉移位置來擴大淋巴結清掃的范圍。近年來出現的微創手術、射頻療法、消融療法等存在很大爭議，這些治療手段不能按照要求的切除范圍來進行，可能達不到腫瘤治療所要求的范圍。

碘治療是甲狀腺乳頭狀癌和濾泡狀癌非常重要的一種治療手段，也是甲狀腺手術的重要補充。包括甲狀腺腫瘤在內的甲狀腺組織會吸收碘，而碘在人體內會釋放一種射線，把腫瘤殺死，這就是碘治療的原理，碘治療也因此被稱為“內放射治療”。但碘治療的前提是把甲狀腺組織全部切除，盡量把轉移比較嚴重的淋巴結全部清掃掉。有些人甲狀腺并沒有全部切掉就去做碘治療，此時即便碘的劑量再大，也會被甲狀腺吸收，轉移的病灶根本吸收不了，沒有治療效果。病情比較嚴重的患者(比如高復發風險的患者)可以做碘治療。