扁桃體發炎多為鏈球菌感染，如果采取全身治療方案，選擇抗生素的話，就首選青霉素，但是對于青霉素過敏者可選用紅霉素、林可霉素等。如果同時還伴有高熱頭痛及全身酸痛者可選用阿司匹林等解熱鎮痛劑。經2—3日治療后如病情無好轉，可以考慮是否是有病毒或其他細菌感染，此時可以改用抗病毒藥、敏感抗生京或磺胺類藥物，如果嚴重的話，也可以考慮使用腎上腺皮質激素，如潑尼松、地塞米松等。

如果扁桃體發炎較輕的話，可以吃中成藥像雙黃連口服液、銀黃顆粒等，如果寶寶還出現有發熱，可以加服抗病毒類。 也可以吃一些清熱解毒的中藥。

中藥外貼也管用，用生附子15克、細辛15克，生吳茱萸15克、大黃6克。將這些藥物研成細末，用適量的米醋調成餅狀，然后敷于孩子的雙腳涌泉穴，用紗布包扎，膠布固定。每日一次。這種方法可以起到清熱解毒，有利于咽喉。