(1)手術拔甲：在局部麻醉下，將患甲拔除。這種方法創面大，出血，易引起感染。手術后一般會感覺較疼痛，由于“治標不治本”，一般不太理想，容易重新感染復發。而且心臟病、高血壓、糖尿病等的患者，不宜手術治療。

(2)內服藥物：單純服用抗真菌藥物如灰黃霉素、氟康唑、伊曲康唑(斯皮仁諾)等，有一定療效，且方便。但因為這類藥必須達到真菌所寄生的甲板處才能發揮抗菌作用，而且在水中的溶解度低且慢，吸收代謝又很快，所以用藥量大，用藥時間長。另外，口服藥均有副作用，且停藥后易復發，故不宜作為灰指甲的常規治療藥物。

(3)外用療法：一般宜選外用療法治療灰指甲，根據藥劑不同，主要有浸泡、局部涂藥和封包削治等方法。治療時需配合去除病甲，故一般沒有內服法方便，但卻安全、無痛苦、無副作用。只要藥劑選用得當，效果較理想。用純中藥藥浴療法(外用)治療灰指甲(手、足癬)主要成份包括：土茯苓、苦參、白蘚皮、僵蠶、全蟲、蜈蚣、白花蛇等中草藥，采用大劑量、大濃度，每次洗、泡二十分鐘以上。采取手足局部整體浸泡的方法進行治療(一般需浸泡整個甲板)，以達到使藥物強力滲透至甲板深部及皮膚角質層，徹底殺滅寄生在甲板角質內以及周圍皮膚角質層內所有的真菌，使灰指(趾)甲得到整體治療而根治，杜絕復發的產生。患有灰指甲的患者在用藥十五天到二十天可在指根部長出新甲，持續用藥待新甲全部長出，病甲全部剪掉，病患消除得到根治，治療程中不會產生任何副作用。