巧克力囊腫治療之后容易復(fù)發(fā)，無論是保守治療還是藥物治療，效果均不太理想，而根治巧克力囊腫手術(shù)又不適合想要生小孩的女性，所以此病不但治療棘手而且給患者帶來巨大痛苦。

腹腔鏡手術(shù)是診斷子宮內(nèi)膜異位癥的最佳方法。巧克力囊腫手術(shù)后，人體會恢復(fù)排卵，發(fā)揮內(nèi)分泌功能，殘存的內(nèi)膜又會開始生長，所以手術(shù)后盡早懷孕，因為懷孕后至少有一年的時間可以讓這些內(nèi)膜組織因為沒有雌激素而逐漸衰退而被吸收掉。所以懷孕是最好的治療，助孕技術(shù)也是最好的治療。

巨大內(nèi)膜囊腫、估計有廣泛腸黏連、需進(jìn)行腸切除術(shù)或判定為很復(fù)雜的手術(shù)以開腹手術(shù)為宜。對于不想生育，且接近停經(jīng)的婦女，則可以考慮切除子宮和卵巢，以達(dá)到一勞永逸的目的。