造成無腦兒等先天性畸形，最根本的原因是沒有做好孕期保健工作，尤其是在孕早期。因為，在受孕后8周內胚胎幾乎完成了各器官、系統、人體外形和四肢的基本發育，至8周末，胚胎約長3厘米，重2克。在此期間，若致病因子（細菌、病毒、農藥等化學品，鉛、汞等金屬）作用于母體并波及胎兒，或胎兒本身發育異常，胎兒都會出現嚴重畸形，如無腦兒、脊柱裂、唇腭裂、先天性心臟病、多指（趾）、缺肢、短肢等。顯然，做好孕期8周內的保健是預防先天性畸形的關鍵。

無腦兒的病因是胚胎神經管閉合不全，現已知與下列因素有關：1、絨毛膜促性腺激素不足，因女胎需要此激素比男胎多，故發生無腦兒女胎比男胎多；2、有人認為，維生素B12或葉酸缺乏可影響胚胎神經管閉合；3、妊娠劇吐或孕婦有糖尿病造成酮血癥酸中毒時；4、孕婦高熱38.5℃以上，持續超過1周；5、用藥不當，如孕早期服用雌激素類避孕藥；6、也可以是遺傳病，生過1胎無腦兒，再次分娩無腦兒的機率為5-10%。

下列因素也應當引起重視：

1、懷孕早期感冒、發燒：婦女在懷孕早期，患一般感冒不會造成胎兒脊柱裂或無腦畸形，而發高熱時則有這種可能。一般感冒并不發熱，或只有輕度發熱，伴有細菌感染、病情加重時可有高熱現象。發熱對胎兒是有影響的，特別是在妊娠13-26天有高熱史，易發生脊柱裂或無腦畸形。因此，在懷孕早期有過發熱史的孕婦應做產前B超檢查，以便明確診斷。

2、懷孕早期接觸放射線：婦女懷孕早期一般因診病接觸過放射線檢查，不會造成胎兒神經管畸形。但大劑量放射線對胚胎發育會有不良影響，可以引起胚胎死亡或發生各種類型的出生缺陷，其中包括無腦畸形。胎盤不同的發育階段對放射線的感受能力不同，受孕后第18-20天接受X線照射可導致孕卵死亡。受孕后第20-50天，如受到較大劑量照射可造成嚴重畸形；孕后50天雖不誘發畸形但也會使胎兒發育遲緩。孕早期更應避免X線照射腹部。

3、懷孕早期服用某些藥品：婦女在懷孕早期患病吃過藥，一般不會引起胎兒神經管畸形，但是如果服了大量的抗腫瘤藥（氨甲喋呤巰基嘌呤）、激素類藥（如強的松）、抗驚厥藥（苯妥英鈉）等，可能引起胎兒脊柱裂和無腦畸形。

4、懷孕早期接觸有害毒物：婦女在懷孕早期接觸過少量有害毒物是不會造成胎兒畸形的，但有害毒物可以直接作用于胚胎或胎兒，也可以通過母體的不良影響，損害母體健康而間接地對胎兒產生不良影響。在懷孕早期接觸過有害毒物能否對胎兒造成不良影響，主要看接觸的有害毒物毒性的大小、接觸時間長短及數量的多少。

一般有害的毒物有鉛、汞、砷；有機溶劑的苯、甲苯、二硫化碳和氯乙烯、苯乙烯、麻醉氣體，以及農業生產常用的甲胺磷、殺螟松、西維因、氧化樂果、敵敵畏、百菌清、有機汞等化學農藥。某地去年連續出生3例無腦兒，經追蹤調查證實均系孕婦接觸農藥所致。

因此，婦女在確定妊娠后，應避免接觸有毒有害物質。農村孕婦切不可參加配制、噴灑農藥，也不要進入剛施噴過農藥的稻田、果蔬種植地帶，更不宜參加搬運、供銷、零售農藥；不要將農藥儲存在睡眠和做飯的房間里，以防止農藥遇到溫度過高時緩慢揮發而污染環境。同時不要進食剛剛噴灑過農藥的瓜果、蔬菜。