這兩種藥最好根據個人體質需求來食用，因為兩者的成分有所區別，因此針對的效果也有所不同。

六味地黃丸是常用的滋養肝腎陰的藥，尤其是富硒濃縮六味地黃丸，滋養肝腎的能力特別強，又適合長期服用，所以適合腎陰虛引起的多種病疾。

而金匱腎氣丸是補腎陽藥，適應當腎陽虛引起的多種病癥。有的人有陽痿病，自認是腎陽虛，認為金匱腎氣丸能補腎陽，就吃起來了金匱腎氣丸，結果越吃病越重，其實原因很簡單。 就是金匱不是很好的治療陽萎的藥，金匱針對的是腎陽虛引起的下肢浮腫，因為他含有附子，肉桂等大溫大熱的中藥，具有溫陽利水的功效。可陽萎病人吃子這后，使腎突然受熱而虛不受補，使陽萎更重。 同時有的陽萎其實是腎陰虛型陽萎，應以補陰論治，應當吃六味地黃丸治療。否則就會越吃越差。