男性避孕藥作為一種內服的避孕藥，它的副作用肯定是存在的，用藥前更需要了解清楚。

男性避孕藥將會是百分之九十九有效，而且對服食者帶來較少不良副作用。英國蘇格蘭愛丁堡大學人類繁殖研究員安德森表示，在連串測試的結果發現，男性避孕藥不會像女性避孕藥那樣存著多種副作用，女性避孕藥的副作用包括影響情緒波動、凝結血塊、頭暈、作嘔和頭痛。男性避孕藥的副作用應當很少，只會導致服食者的體重略為增加。

有專家指出，男性避孕藥的另一個好處是，男性避孕藥不會像切除輸精管那樣難以還原，因為男士只要停服避孕藥十六周便可恢復生殖能力。