目前流行性乙型腦炎還沒有特效治療方法，因此做好預防工作是很重要的。動物和人均可作為傳染源，其中豬與馬是重要的傳染源，而流行性乙型腦炎主要通過蚊子（三帶稀庫蚊等）叮咬傳播，臺灣螺線也可傳播本病，預防時應著重做好以下幾點：

1、滅蚊

三帶喙庫蚊是一種野生蚊種，主要孳生于稻田和其它淺地面積水中。成蚊活動范圍較廣，在野外棲息，偏嗜畜血。因此，滅蚊時應根據三帶喙庫蚊的生態學特點采取相應的措施。如：結合農業生產，可采取稻田養魚或灑藥等措施，重點控制稻田蚊蟲孽生；在畜圈內噴灑殺蟲劑等。

2、注射疫苗

人群免疫目前國際上主要使用的乙腦疫苗有兩種，即日本的鼠腦提純滅活疫苗和中國的地鼠腎細胞滅活疫苗。

減毒活疫苗我國正在試用中，該疫苗系選用60年代SA14株經地鼠腎細胞連續傳代，紫外線照射等措施后獲得的三個減毒活疫苗株，遠較國外的減毒株毒力低。而免疫原性好。

疫苗注射的對象主要為流行區6個月以上10歲以下的兒童。在流行前1個月開始，首次皮下注射，（6~12個月每次0.25ml，1~6歲每次0.5ml，7~15歲每次1ml，16歲以上每次2ml）間隔7~10天復種1次，以后每年加強注射一次。預防接種后2~3周體內產生保護性抗體，一般能維持4~6個月。

3、預后

病死率在10%左右，輕型和普通型患者大多恢復，暴發型和腦干型患者的病死率較高，多于極期因呼吸衰竭而殘廢死亡。