1、血象：白細胞計數一般在10~30×109/L，中粒細胞增至80%以上，核左移，嗜酸粒細胞可減少。

2、腦脊液檢查：外觀澄清或微混，白細胞計數增加，多數在0.05~0.5×109/L之間，個別病人可達1×109/L以上，或始終正常；在病初以中性粒細胞占多數，以后逐漸以淋巴細胞為多。蛋白稍增加，糖定量正常或偏高，氯化物正常。腦脊液中免疫球蛋白的測定對鑒別診斷有幫助。化膿性腦膜炎患者腦脊液中的IgM明顯升高，結核性腦膜炎患者則IgA、IgG升高顯著，而病毒性腦膜炎患者在后期時IgG可有升高。

3、血清學檢查：

（1）血凝抑制試驗：可測定IgM抗體及IgG抗體，敏感性高，方法簡便快速，但試驗要求嚴格，偶見假陽性反應。雙份血清效價增長4倍以上可確診，單份血清抗體效價1：100為可疑，1：320可作診斷、1：640可確診。

（2）二巰基乙醇（2ME）：耐性試驗檢測IgM抗體，患者血清標本在2ME處理前、后分別作血凝抑制試驗，如處理后血凝抑制抗體效價下降1/2~3/4，表示特異性IgM已被2ME裂解，即為試驗陽性。本法可在起病第4~8天即呈陽性，且由于單份血清即有輔助價值，故可對乙腦進行早期診斷。

（3）補體結合試驗：特異性較高，但其陽性大都出現在第4~7周，雙份血清抗體效價有4倍或以上的增長即可診斷。若僅單份血清，1：2為可疑，1：4以上有助診斷。

（4）中和試驗：病后一周血中出現中和抗體，效價增長4倍以上可確診。早期為IgM，后期為IgG。此法特異性及敏感性均較高，抗體持續終生。一般用于流行病學調查。

（5）免疫熒光試驗：發病初1~2天的血液或發熱第2~4天的腦脊液及發熱全程的腦室內的腦脊液，均可采用本法檢測乙腦病毒抗原，方法快速，陽性率高，有早期診斷價值。

酶聯免疫吸附試驗（ELISA）：一般用于測定血清中的乙腦抗體，比較靈敏、特異。

4、病毒分離：病初可取血清或腦脊液接種乳鼠以分離病毒，但陽性率較低。通常僅于死后尸檢或以延髓穿刺取腦組織制成懸液，離心后取上清液接種乳鼠腦內，傳代后作鑒定，可作回顧性診斷。