恙蟲病的基本病理組織變化與斑疹傷寒所見相似，主要為小血管炎、血管周圍炎以及小血管血栓形成，上述病變可能系由立克次體的毒素所引起。當人們被受感染的恙螨幼蟲叮咬后，恙蟲立克次體乃由咬傷處直接或經淋巴管進入血循環，引起全身器官病變。

人被受感染的恙螨幼蟲叮咬后，恙蟲病立克次體先在局部繁殖，然后進入血流，產生立克次體血癥，再到達身體各器官組織，出現毒血癥臨床表現，恙蟲病立克次體死亡后所釋放的毒素為致病的主要因素，在局部可引起丘疹，焦痂和潰瘍，在全身可引起淋巴結腫大，焦痂附近的淋巴結腫大尤為顯著，淋巴結中央可呈壞死，漿膜腔，如胸腔，腹腔，心包腔中可見黃綠色滲出液，內臟普遍充血，脾常充血，可腫大2～5倍，肝亦腫大,心肌可呈局灶性或彌漫性心肌炎癥，可有局灶性出血或變性病變，肺可有出血性肺炎或繼發性支氣管肺炎，腦可出現腦膜腦炎，腎臟可呈廣泛性急性炎癥性病變，胃腸道常廣泛充血。

本病的組織病理變化主要在血管系統，可見局灶性或廣泛性血管炎和血管周圍炎，以肺，腦，心，腎最為顯著，血管周圍可見單核細胞，淋巴細胞，漿細胞浸潤，重型患者可見血管內皮細胞水腫及血管壁壞死，破裂，曾在患者多種器官的血管內皮細胞，巨噬細胞和心肌細胞中檢出恙蟲病立克次體。