手足口病由病毒感染引起，潛伏期一般3天至一周左右。患兒感染手足口病后，在發病初期會出現發熱、咳嗽、流涕等類似上呼吸道感染的癥狀，隨著病情發展，患兒的手、足及口腔會出現皰疹，皰疹發癢發疼;由于口腔患處疼痛，患兒食欲下降，精神不振。

發病初期：患兒有發熱、咳嗽、流涕和流口水類似上呼吸道感染的癥狀，有的孩子可能有惡心、嘔吐等癥狀。此后，患兒的手、足的指及趾背部出現橢圓形或梭形的水泡，皰的周圍有紅暈，水皰的液體清亮，水皰的長軸與皮紋是一致的。隨著病情發展，水皰的中心凹陷、變黃、干燥、脫屑、脫落。另外，患兒的指、趾端有散在的比較堅硬的淡紅色丘疹或者皰疹。同時，在口腔里，如嘴唇、舌、口腔粘膜、齒齦上也有散在的水皰，但口腔里的水皰很快破潰而形成灰白色的小點或灰白色的一層膜，其周圍有紅暈，在灰白色的膜下可以見到點狀或片狀的糜爛面。

手足口病沒有明顯的前驅癥狀，多數患兒屬突然起病。本病主要侵犯患兒手、足、口、臀四個部位，臨床上有不痛、不癢、不結痂、不結疤的四不特征。手足口病皰疹患處若破裂，細菌容易從傷處入侵，造成感染，很有可能會損壞神經從而影響到患病部位的靈活運用。

手足口病病情嚴重的話，患兒會出現高燒現象，甚至出現肺水腫、腦炎、心肌炎等。