MSA發病年齡多在中年或老年前期(32～74歲)，其中90%在40～64歲明顯早于特發性帕金森病，病程3～9年。

臨床有三大主征：即小腦癥狀，錐體外系癥狀，自主神經癥狀，其中89%出現帕金森綜合征；78%出現自主神經功能衰竭；50%出現小腦性共濟失調，最常見的組合為帕金森綜合征并自主神經功能衰竭或小腦性共濟失調并自主神經功能衰竭，此外，相當部分可有錐體束征，腦干損害(眼外肌癱瘓)，認知功能障礙等。

臨床特點為：

1、隱性起病，緩慢進展，逐漸加重。

2、由單一系統向多系統發展，各組癥狀可先后出現，有互相重疊和組合。

SND和OPCA較易演變為MSA，徐肖翔報道首發癥狀出現后平均3年相繼出現神經系統其他部位受侵的臨床癥狀，比較其損害程度：自主神經癥狀SDS>OPCA>SND，小腦癥狀OPCA>SDS>SND，錐體外系癥狀SND>SDS>OPCA，錐體束征SND≥SDS>OPCA，腦干損害OPCA>SDS。

3、臨床表現與病理學所見相分離，病理所見病變累及范圍往往較臨床所見為廣，這種分離現象除復雜的代償機制外，還可能與臨床檢查粗疏或臨床表現滯后于病理損害有關。

在一組188例病理證實的MSA患者中，28%患者同時存在小腦，錐體外系，自主神經系統和錐體系四種體征；另有29%患者同時有帕金森綜合征，自主神經功能受損征及小腦征或錐體束征三種體征；11%患者有帕金森綜合征和自主神經受損征；10%患者僅表現為帕金森綜合征。

Sakakibara對121例MSA患者(OPCA 48例，SND l7例，SDS 56例)進行問卷調查，結果顯示MSA患者泌尿系統癥狀(96%)明顯常見于直立性低血壓癥狀(43%)(P<0、01)，尤其是OPCA及SND，53例患者泌尿及直立性低血壓癥狀均有，首發癥狀為泌尿系統的占48%，較以直立性低血壓為首發癥狀的(29%)更常見，23%的患者同時出現兩種癥狀，由此作者得出結論：MSA患者泌尿系統功能障礙較直立性低血壓更常見，且常較早出現。

由于該病發病率和患病率均較低，疾病的病程中以神經系統不同部位受累的臨床表現為首發癥狀，經常以某一系統損害為突出表現，其他系統損害的臨床癥狀相對較輕，或者到晚期才出現，使早期明確臨床診斷比較困難。