目前，直接導致結腸癌的原因尚未明確，不過一般認為結腸癌的發病與環境因素、遺傳因素、以及其他疾病因素有明顯的聯系。

1、環境因素。一般認為，結腸癌與高脂肪飲食和纖維素攝入不足有關，也就是我們所說的飲食習慣。高脂肪飲食里所包含的飽和脂肪酸可促進肝中的膽固醇和膽酸的合成，進入腸腔內增加，結腸細菌作用會使之轉變成膽固醇代謝物和次膽酸，這些物質有致癌的作用。另外，纖維素攝入不足會影響排便量，有害物質停留在體內不易排出，是引起結腸癌的另一主要因素。

2、遺傳因素。有研究表明一級親屬曾患結直腸癌的，他的下一代在一生中患結腸癌的機率要比普通人群的要高。

3、其他疾病。

（1）炎癥性腸病。患潰瘍性結腸炎的病人會比普通人患結腸癌機率高很多，癌變常發生在扁平粘膜。炎癥的增生性病變發展過程中，常可伴有息肉形成，并進一步發展為腸癌；而患克隆氏病時，有結腸、直腸受累者也可能會引起癌變。患克隆氏病或潰瘍性結腸后，患結腸癌的發病機會會是普通人的30倍。

（2）血吸蟲病。在血吸蟲流行區和非流行區，結腸癌的發病率與死亡率有明顯區別，因此認為血吸蟲病與結腸癌的發病有一定的聯系，推測可能是因為腸壁血吸蟲卵沉積與毒素刺激，引起大腸粘膜慢性潰瘍、導致炎性息肉等，從而引起了癌變。