扁桃體腫大的原因是扁桃體反復發炎。病理上表現為 淋巴細胞、網狀細胞增生活躍，扁桃體肥大。小窩粘膜上皮增厚、表面角化過度或形成小潰瘍。長期炎癥可致扁桃體內小血管閉塞，淋巴組織變性，逐漸為結締組織代替。

扁桃體紅腫大多在機體抵抗力降低時感染細菌或病毒所致，起病急，一般發生于扁桃體炎。病原菌多為溶血性鏈球菌、葡萄球菌、肺炎球菌。這些細菌通常存在于人的咽部和扁桃腺隱窩內，在正常情況下，由于扁桃腺表面上皮完整和粘液腺的不斷分泌，可將細菌同脫落上皮細胞從隱窩口排出，因此保持著機體的健康。當機體因過度疲勞、受涼、局部受到物理或化學因素的影響后，抵抗力下降時，扁桃腺的血運減少、腺體分泌機能下降，上皮防御能力降低，細菌即乘虛而入，滋生繁殖，致使扁桃腺腫大充血。

扁桃體是免疫器官，上呼吸道急性感染（即感冒）后，扁桃體的特異性防御機制即被激活，變得腫大——這本來是一個好事，有利于人體抗擊外來入侵的病毒和細菌。這個時候，如果過用寒涼藥物，驟然降溫，抑制了人體的免疫功能，就會導致感冒雖然好了，但已經增大的扁桃體卻回不去了。如此反復幾次，扁桃體就會變得越來越大。

本病的發病機理尚不清楚，但近年來基于免疫學的觀點，認為自身變態反應時引起扁桃體發炎的重要機制。